超純水器制備超純水的原理和步驟大體如下：
1.原水：可用自來水或普通蒸餾水或普通去離子水作原水。
2.機械過濾：通過砂芯濾板和纖維柱濾除機械雜質，如鐵銹和其他懸浮物等。
3.活性炭過濾：活性炭是廣譜吸附劑，可吸附氣體成分，如水中的余氯等；吸附細菌和某些過渡金屬等。氯氣能損害反滲透膜，因此應力求除盡。
4.反滲透膜過濾：可濾除95%以上的電解質和大分子化合物，包括膠體微粒和病毒等。由于絕大多數離子的去除，使離子交換柱的使用壽命大大延長。
5.紫外線消解：借助于短波（180nm-254nm）紫外線照射分解水中的不易被活性炭吸附的小有機化合物，如甲醇、乙醇等，使其轉變成CO2和水，以降低TOC的指標。
6.離子交換單元：已知混合離子交換床是除去水中離子的決定性手段。借助于多級混床獲得超純水也并不困難。但水的TOC指標主要來自樹脂床。因此，高質量的離子交換樹脂就成為成敗的關鍵。所謂高質量的樹脂，就是化學穩定性特別好，不分解，不含低聚物、單體和添加劑等的樹脂。所謂"核工業級樹脂"大概就屬于這一類樹脂。對樹脂的要求是質量越高越好。可惜國內很少有人在這方面下工夫。滿足于生產大路貨。
7.0.2μm濾膜過濾，以除去水中的顆粒物到每毫升1個（小于0.2μm的）.經過上述各步驟處理后生產出來的水就是超純水了。應能滿足各種儀器分析，高純分析，衡量。